Không chỉ cởi mở về mặt kinh tế, nhà Mạc có sự cởi mở cả về mặt tư tưởng. Khác với sự độc tôn Nho giáo của nhà Hậu Lê, nhà Mạc tuy dùng Nho giáo làm tư tưởng cai trị nhưng không hạn chế Phật giáo và Đạo giáo. Nhiều chùa được Bắc triều xây cất và tu bổ.

Đạo Thiên chúa đã cố gắng rao giảng tôn giáo của mình vào Đại Việt thời Nam Bắc triều nhưng chưa thu được thành tựu. Các giáo sĩ phương Tây bắt đầu lén tiếp cận Đại Việt thực hiện truyền đạo vào các năm 1533 tại Giao Thủy (Nam Định) ở Bắc triều, năm 1580 tại Quảng Nam thuộc Nam triều. Tới năm 1583 dù được Mạc Mậu Hợp cho phép truyền giáo nhưng công việc của các giáo sĩ không đạt kết quả do bất đồng ngôn ngữ[11].